بحث در مورد علل اختلال اتیسم بسيار گسترده است، زيرا از تئوري‌هاي بي‌معني و مجهول گرفته تا نظريه‌هاي بسيار مشكل و غيرقابل باور در مورد اين اختلال فراوان وجود دارد. اين شگفت‌آور نيست كه عنوان شده باشد كه اختلال اتیسم يكي از حادترين و بغرنج‌ترين اختلالات كودكان است. اين اختلال طيف گوناگوني از علت‌ها را به خود متوجه مي‌كند. به‌همين علت تشخيص نيز در اين كودكان امري بسيار دشوار شده است. تاكنون هيچ علت مشخصي براي اتیسم  كشف نشده است ولي در تعدادي از مطالعات مشخص شده است كه عملكرد غيرعادي مغز باعث ايجاد حالات اتیسم مي‌شود. اسكن‌هاي مغزي در بعضي موارد نشان داده است كه مغز كودكان اُتيسيك از نظر اندازه و ساختار با مغز كودكان سالم متفاوت است. به نقل از انجمن اُتیسم آمریکا در حال حاضر تحقيقات فراواني در رابطه با احتمال دخالت عوامل ژنتيكي و عوارض داروئي در بروز اتیسم در حال انجام است. در بعضي از خانواده‌ها مشاهده شده است كه اتیسم مانند بيماري‌هاي ژنتيكي از نسلي به نسل ديگر منتقل مي‌شود كه اين خود مي‌تواند تئوري ژنتيكي بودن اتیسم را در بعضي موارد ثابت كند ولي در بسياري از موارد هم مشاهده شده است كه سابقه اتیسم در خانواده و يا اقوام وجود نداشته است. همچنين در بعضي از كودكان مشخص شده است كه در بدو تولد نشانه‌های نخستین اُتيسمرا دارا مي‌باشند ولي اين مورد هم عموميّت چندانی ندارد. محققين ديگري نيز معتقدند كه تحت شرايط خاصي تعدادي از ژن‌هاي ناپايدار باعث اختلال در عملكرد مغز و درنهايت بروز اتیسم مي‌شوند. تعداد ديگري از محققين نيز بر روي احتمال بروز اتیسم در دوران بارداري تحقيق مي‌كنند. آن‌ها معتقدند كه يك عامل ويروسي ناشناخته، اختلال متابوليسمي، آلودگي به مواد شيميائي محيطي ،الودگی هوا یا برخی از بیماری‌ها در دوران بارداري و یا عواملی چون مشکلات کمبود اکسیژن در زمان تولد مي‌تواند عامل ايجاد اين بيماري باشد. احتمال بروز اُتيسم در كودكاني كه بيماري‌هائي مانند سندرم فراژيل ايكس، توبروس اسلروسيس، سندرم روبلا، سندروم لاندو کلفنرو فنيل كتنورياي درمان‌نشده داشته باشند بيشتر است. در برخی موارد علت به سن بالای پدر و مادر باز می‌گردد. می‌توان به برخی علل در دوران بارداری و یا قبل از آن اشاره نمود مانند عدم تغذیه مادر با مواد سرشار از فولیک اسید و یا حتی کمبود فولیک اسید در رژیم غذایی پدر و یا در معرض محیط‌های آلوده قرار گرفتن پدر قبل از تشکیل نطفه. علاوه بر موارد بالا می‌توان به عوامل روانی‌اجتماعی، عوامل زیستی، زایمان زودرس، مشکلات ایمونولوژیک، تراتوژن‌ها، آسیب‌های متابولیک مغزی، مشکلات هورمونی و… اشاره نمود.